La plupart des lacs sont d'origine tectonique (lacs Tanganyika, Idi-Amin, Mobutu-Sese-Seko, Upemba et Moero, Pool de Malembo) et occupent les fonds des graben. A l'exception du lac Mobutu-Sese-Seko qui aurait déjà existé au Miocène inférieur, ces lacs constituent des éléments de géographie physique récents et se sont surtout développés pendant le Quaternaire. Grâce aux artéfacts qu'on trouve dans les terrasses lacustres, une détermination d'âge plus détaillée a été possible. La plupart de ces lacs offrent les caractéristiques typiques des lacs tectoniques : forme allongée dans une dépression bordée d'escarpements raides, rives peu échancrées, absence d'îles, grande profondeur. Le lac Tanganyika figure d'ailleurs parmi les lacs les plus profonds du globe. Il est constitué de deux dépressions tectoniques emboîtées. La partie septentrionale a une profondeur de 1.310 m et la partie méridionale atteint une profondeur de 1.470 m. La dépression marécageuse de l'Upemba fait exception : on y trouve plusieurs lacs dont celui de l'Upemba qui probablement sont les vestiges d'une seule superficie lacustre, mais dont la profondeur varie entre 0,50 m et 3,25 m seulement. On possède fort peu de renseignements sur le lac Moero, dont l'origine tectonique est probable.

L'origine du lac Kivu est différente comme le montre d'ailleurs sa configuration morphologique, qui est celle d'un lac de barrage : nombreuses baies et îles, ces dernières disparaissant vers le nord. Ce sont les volcans de la chaîne des Virunga qui ont barré l'écoulement sud-nord d'un réseau hydrographique qui prenait ses sources sur le plateau des Bafulero, près du mont Mulhi.

La cuvette centrale possède plusieurs étendues lacustres, dont les principales sont le lac Maidombe et le lac Tumba. On les considère comme les vestiges d'un lac plus important, qui aurait occupé une partie de la cuvette pendant une période courte dans l'histoire du réseau hydrographique du Zaïre. Ils sont peu profonds (la profondeur maximum du lac Maidombe dépasserait à peine 7 m et la profondeur moyenne du lac Tumba serait de 4 m). Les rives sont généralement marécageuses.

Tous ces lacs sont exoréiques. A l'exception des lacs Idi-Amin et Mobutu-Sese-Seko qui appartiennent au bassin du Nil, ces lacs font partie du bassin du Zaïre. Certains jouent un rôle régulateur du régime des rivières en aval du lac (par exemple : le lac Maidombe pour le régime de la Fimi en aval de la Lukenie; les lacs de la dépression d'Upemba pour le régime du Lualaba aval). Mais cela implique que le niveau des lacs est dépendant de l'apport en eau par les rivières d'amont. Comme ces dernières ont souvent un régime caractérisé par des périodes d'étiage et de hautes eaux, il est normal de constater que le niveau des lacs varie d'une période de l'année à l'autre, et même d'une année à l'autre. C'est ainsi que tous les lacs du fossé tectonique de l'est du Zaïre ont connu une hausse bien visible de leur niveau lors de l'année particulièrement pluvieuse de l 964. Le lac Tanganyika atteignait alors un niveau record de 776,90 m et des inondations ont été signalées dans les localités de Kalemie, Uvira, Bujumbura et Kigoma. On comprend dés lors l'importance qu'attachent les différents Etats du lac à assurer une évacuation normale des eaux du Tanganyika par la Lukuga. Malheureusement cette rivière connaît un alluvionnement important près de l'exutoire du lac. Cet alluvionnement est en plus favorisé par le développement considérable de roseaux. Autrement dit : il existe un réel problème de bouchon de la Lukuga.

La plupart des lacs tectoniques ainsi que le lac Kivu sont poissonneux. On ne peut pas en dire autant des lacs de la cuvette. La navigation commerciale s'est organisée sur les lacs Mobutu-Sese-Seko, Kivu et Tanganyika représentant ensemble à peu près 1.300 km de voie navigable.

Signalons enfin la découverte de méthane dans le lac Kivu à partir d'une profondeur d'environ 300 m. L'absence de courants de convection, conséquence d'un gradient de salinité (et donc de densité) élevé en fait un véritable gisement de méthane, dont les réserves sont estimées à plus de 57 milliards de m³.