Il existe sur le fleuve Congo et ses affluents de nombreux ports fluviaux dont les principaux sont, en aval, Kinshasa et, en amont, Kisangani ainsi que Ilebo à l'extrémité de la rivière Kasaï, principal affluent du Congo. L'entretien du réseau fluvial est dévolu à un organisme d'Etat, la Régie des Voies Fluviales (RVF). Le port de Kinshasa compte 1.800 m de quai et 80.000 m² de terre-pleins. Son trafic a nettement régressé. De 470.000 t. en 1990, il est tombé à 131.591 t. en 1994. Ce port tourne au ralenti et son espace actif est réduit à la zone du terminal fluvial, containers et grumes. Sa principale source de revenus est la manutention des grumes. Le principal exploitant fluvial est une société d'Etat, l'Office National des Transports (Onatra), qui a le monopole d'exploitation des ports fluviaux. Toutefois, l'office est en concurrence avec des entreprises privées.

Le fleuve Congo comporte un bief maritime de 148 km entre le port de Matadi où s'arrêtent les rapides du fleuves et le port de Banana sur l'océan, dont l'entretien est assuré par la Régie des Voies Maritimes (RVM). Il existe, sur ce bief, trois ports d'importance inégale, tous exploités par l'Onatra.

Le port de Matadi compte 1.600 m de quai et 7 magasins dont 3 avec un étage, pour une superficie couverte de 64.000 m². Les terre-pleins couvrent une superficie de 115.000 m². Ces infrastructures sont dans un très mauvais état. Les équipements de manutention, mal entretenus, sont également dégradés. Après avoir atteint le niveau record de 1,6 million de tonnes en 1986, le tonnage transitant par le port de Matadi a peu à peu diminué. De 1,328 Mt en 1990, il n'était plus que de 806.641 t en 1994. En 1995, il a enregistré une légère augmentation avec 1,012 Mt.

Le port de Boma est beaucoup moins important. Il compte 480 m de quai linéaire, avec trois postes offrant des tirants d'eau admissibles de 7,50 m, 7 m et 10 m. Il possède 6 magasins pour une superficie couverte de 9.700 m² et 20.000 m² de terre-pleins pouvant être étendus à 40.000/50.000 m². La situation des infrastructures et des équipements du port de Boma semble meilleure que celle de Matadi, mais requiert toutefois un entretien systématique et en profondeur. Le Trafic de ce port était d'environ 43.600 t. en 1995, contre 66.700 t. en 1990.

Le port de Banana offre un poste d'accostage de 75 m² avec un tirant d'eau de 6 m, un magasin de 450 m² et un terre-plein correspondant. Cette infrastructure est assez dégradée.